O Programa de Pós-Graduação Profissional em Engenharia de Produção da UFPE é um programa que oferta os cursos de Mestrado e Doutorado profissionais. O curso de Mestrado Profissional em Engenharia de Produção da UFPE iniciou a primeira turma no ano de 2000 e já formou mais de 250 profissionais de diversos setores da economia tais como: Administração Pública; Aeroportuário; Alimentos; Apicultura; Atacado; Automotivo; Bancário; Bebidas; Bens de Consumo; Brinquedos; Calçados; Confecções; Construção Civil; Consultoria; Defesa Civil; Distribuição; Elevadores; Embalagens; Energia Elétrica; Engenharia; Ensino; Eólica; Farmacêutico; Financeiro; Higiene, Beleza e Limpeza; Hoteleiro; Joalharia; Jurídico; Justiça; Logística; Medicamentos; Metalurgia; Metroviário; Mineração; Naval; Petróleo e Gás; Portuária; Publicidade; Química; Reciclagem; Saneamento; Saúde; Segurança Pública; Seguros; Siderurgia; Sucro-alcooleiro; Tecnologia da Informação; Teleatendimento; Telecomunicações; Terceiro Setor; Têxtil; Trânsito; Transportes; Turismo e Varejo.
Em Agosto de 2019, o Doutorado Profissional em Engenharia de Produção da UFPE foi aprovado pela CAPES sendo o primeiro na modalidade no País na área de engenharia de produção.